2015年11月17日，省委召开十二届92次常委会议，专题研究欢迎光临welcome云顶集团深化综合改革提升综合实力工作。12月14日，省委省政府两厅办印发《青海大“十三五”深化综合改革提升综合实力总体方案》。
根据两厅办文，“十三五”期间，省政府设立对欢迎光临welcome云顶集团的专项补助资金，每年1亿元。2016年3月，省委省政府印发《关于成立欢迎光临welcome云顶集团“十三五”深化综合改革提升综合实力工作领导小组的通知》，成立了由省委常委张西明任组长，相关厅局和欢迎光临welcome云顶集团为成员单位的欢迎光临welcome云顶集团“十三五”深化综合改革提升综合实力工作领导小组，学校层面，成立了推进小组、综改办公室。2016年3月22-24日，召开欢迎光临welcome云顶集团第三次党代会，会议主题报告紧紧围绕欢迎光临welcome云顶集团“十三五”深化综合改革提升综合实力工作展开，会议再次明确了学校“十三五”发展指导思想、战略目标和工作路径。
编制了《欢迎光临welcome云顶集团“十三五”发展规划》。规划以《青海省“十三五”教育改革和发展规划》和《欢迎光临welcome云顶集团“十三五”深化综合改革提升综合实力方案》为基本遵循和核心内容，先后召开校内专家论证会、省内有关厅局论证会、清华大学专家论证会、西北农林科技大学对口支援高校高层领导论证会，多个层面征求意见建议，多轮评审论证，并经第3次常委会、第7次教代会审议通过，编制完成了10个专项规划和26个院系规划，为学校“十三五”发展奠定了坚实的工作基础。
●明确了“两个目标三步走”总体目标
到2018年，建校60周年，基本建立现代大学制度体系，增强内涵发展的保障能力；到2020年，“十三五”末，学校综合办学实力显著提升，管理体系和管理能力现代化建设取得实质性进展，大学排名显著提前，在服务青海经济社会发展，特别是创新驱动发展战略中发挥显著作用；到2025年，“十四五”末，学校综合实力进一步提升，大学排名进入全国前200名，立足青海、面向全国、着眼全球，建成在国内有影响力的现代大学。
●确定了“把握一个方向，明确两个定位，发挥三个优势，实施六大战略”发展思路
把握一个方向。牢牢把握社会主义办学方向。明确两个定位。一是明确学校办学定位；二是明确学校学科发展定位。发挥三个优势。一是省部共建的优势；二是特色鲜明的优势；三是对口支援的优势。实施六大战略。一是人才强校战略；二是质量兴校战略；三是特色发展战略；四是服务地方战略；五是深化改革战略；六是开放办学战略。
●“十三五”期间，重点在以下4个方面实现8个突破
学科建设：世界一流学科。具体指标：1－2个学科进入世界一流学科建设行列；博（硕）士学位点。具体指标：新增3个以上一级学科博士学位点、7个以上一级学科硕士学位点，建立1－2个博士后流动站。
队伍建设：学生规模。具体指标：到“十三五”末，本科生总规模控制在16000人，研究生总规模达到3000人；本科教学工程立项数和学生全国性竞赛获奖数。具体指标：国家本科教学工程立项数和学生参加全国性竞赛获奖数在“十二五”的基础上有较大增长。
人才培养：博士学位和海外经历教师的比例。具体指标：专任教师中具有博士学位的比例提高到30%以上，总量达到400人以上，具有半年以上海外经历教师的比例提高到15%以上；国家级高层次人才数量。具体指标：在国家级高层次人才（院士、长江学者、千人计划、国家教学名师、新世纪优秀人才等）总量上实现新突破，力争实现长江学者等国家级高层次人才的本土化培养。
科学研究：国家重点实验室。具体指标：实现国家重点实验室零的突破；高水平科研产出。具体指标：“十三五”期间，力争SCI、EI、ISTP收录论文数达到1000篇，SSCI、CSSCI收录论文数达到300篇；出版学术专著240部，专利授权数达到130项；国家自然基金和国家社科基金项目总数达到300项；科研经费到账总额达到6亿元以上。
聚焦9个方面34项改革。重点改革体现在四个方面
深化人事制度改革：一是加大分配制度改革，出台并实施《欢迎光临welcome云顶集团绩效奖励实施办法》,出台《欢迎光临welcome云顶集团关键岗位年薪制和团队工资协商制实施办法》 在国家重点实验室等单位试点实施。二是全面推进职称评聘改革，出台《欢迎光临welcome云顶集团专业技术职务评聘改革方案》、《欢迎光临welcome云顶集团岗位设置与聘用办法》和《欢迎光临welcome云顶集团高教系列高级专业技术职务任职资格评审条件》，评审权下放到各院（系、部）。三是启动评价机制改革，出台《欢迎光临welcome云顶集团岗位聘用业绩成果考核评价标准》，建立科学合理的人才评价体系，改革单位年度工作考核办法，出台《欢迎光临welcome云顶集团机关职能处室及院系部年度工作考核办法》，实行分类评价考核、过程考核和群众公认。
创新学科建设体制机制：打破院系与学科壁垒，以重大科学问题和国家区域重大需求为导向，以省部共建国家重点实验室、国家级研究工程中心（基地）为平台，组建校内跨学科科研平台，开拓和发展交叉研究领域，进一步推进优势学科间的交叉融合，结合现有学科科学研究水平、学术成果积累、人才培养质量、社会服务能力及在国家和区域经济社会发展中的重大需求，确定三江源生态、高原医学两个学科冲击世界一流学科，新能源光伏、盐湖化工两个学科冲击国内一流学科。
人才培养模式与机制：一是优化人才培养模式，实施学分制改革，在2016级新生中全面实施完全学分制，推行弹性学制；持续推进“分级教学”、“卓越计划”、“拔尖创新人才培养计划”、“藏语言应用教学实验班”等项目，逐步构建“分层教学、分流培养、分类成才”的多规格人才培养机制；二是积极推进创新创业教育，，面向学生开设4学分的创新创业教育必修课或选修课，将创新创业教育融入人才培养全过程；三是着力推进课堂教学和考试制度综合改革，立项建设公共基础课、专业核心课程、公共素质类课程、MOOC/SPOC教学改革等78项；与清华大学等高校同步推行“雨课堂”教学改革试点。
创新科研体制机制 ：创新科研体制机制方面，以三江源生态与高原农牧业国家重点实验室建设为突破口，作为科研体制改革先行先试的实验区。调整思路，积极推进三江源协同创新中心、盐湖化工协同创新中心建设，在清华大学、华东理工大学的支持下积极申报国家“2011计划”。